Am Osteuropa-Institut sind fünf verschiedene fachspezifische Arbeitsbereiche angesiedelt: Geschichte, Kultur, Politik, Soziologie und Volkswirtschaft. Jeder dieser Arbeitsbereiche besteht aus einem Lehrstuhl und aus einem Stab von wissenschaftlichen Mitarbeiter:innen, Lehrbeauftragten, Studentischen Hilfskräften sowie einem Sekretariat. Sie verwirklichen in Forschung und Lehre sowie vermittels ihres gemeinsamen Forschungsgegenstands Osteuropa den interdisziplinären Anspruch, mit dem das Institut bei seiner Gründung ausgestattet wurde. Die jeweiligen Arbeitsbereiche sind nicht nur an das Osteuropa-Institut gebunden, sondern auch in die Fachbereiche ihrer jeweiligen Fachdisziplinen integriert.